Im Jahr 1834 wurde in Hamburg die erste deutsche Baptistengemeinde von Johann Gerhard Oncken gegründet.
Ihren Namen erhielt sie dadurch, dass sich ihre Mitglieder aufgrund ihres persönlich bezeugten Glaubens an Jesus Christus taufen ließen (das griechische Wort baptizein bedeutet taufen).
Die Gemeinde in Ingolstadt wurde 1948 von Baptisten gegründet, die durch die Kriegs- und Nachkriegsereignisse in Ingolstadt eine neue Heimat gefunden hatten.
Ein erstes eigenes Kirchengebäude wurde 1962 in der Nürnberger Straße eingeweiht und 1973 erweitert.
Im Dezember 1994 konnte die Gemeinde ihr neues Gemeindezentrum im Onckenweg im Stadtteil Hollerstauden einweihen. Neben einem Gottesdienstraum verfügt dieses Gebäude über eine Vielzahl von Räumen, die von den verschiedenen Gruppen der Gemeinde genutzt werden.
Neben den Veranstaltungen im Gemeindezentrum treffen sich Gemeindeglieder und Freunde der Gemeinde in Hauskreisen, um anhand der Bibel über Lebens- und Glaubensfragen miteinander zu sprechen und den Glauben in den Alltag umzusetzen.